张居正领导下的文官体系效率明显提高，会试后不久沈觉非就接到了内阁连同六部大臣商议的五年国家事务计划提纲。更多小说ltxsba.com提纲中对沈觉非提出的五大问题分别提出了对策。
其时内阁有张居正﹑吕调阳﹑张四维。六部方面也大换班，吏部尚书由当时资望最高的杨博担任，礼部尚书空缺由陆树声补上；兵部调来抗倭名将谭纶；户部用了王国光；刑部用了王之诰；工部朱衡与左都御史葛礼光留任。这些人，都是素有清望，能力出众，而且都是张居正举荐信用的。这样的一个班子可以说是当时最佳组合，是一个可以干大事情的班子。
沈觉非自己没有可信用的亲信大臣，对帝国的文官官员也缺乏了解。因此，就将人事大权全部交给了张居正。张居正的心胸可能不太宽广，但眼光绝对不错，他挑出来的人差不到哪里去的。
而提纲上大臣们所列举的措施也证明了张居正却是巨眼，有识人之明。
于吏治方面，首先是推行考成法，制定了细则，对公务的处理作出明确的规定。明确官员的权责，吏部按期考察政绩，御史巡检检察。罢黜贪赃枉法和老病不称职之辈，同时限制官员权利，防止官员滥用权力，危害百姓。
推行考成法的同时，还进行追查亏空。清查全国各地赋税，钱粮，仓库；一则要弄清具体情况，二来也打击贪污，将官员贪墨的钱财追回，充实国库。
户部开始了清查田亩和厘定税率。清查全国公私田产，用统一的度量衡量出亩数，根据土地贫瘠分成上中下三等，登记在案。然后根据登记交纳钱粮，全国土地无论公田私田，官田王田，全部纳税，税额也是全国统一。商税方面，在革除国内的一些关卡的同时，在各个港口和边关互市设立税管，征收商税。税率由户部制定，不同的货物征收不同的税率。
由地方长官征收田赋赋粮和普通商税，解入户部设在各地的仓库。仓库登记在册，然后由户部调配使用。而关税则直接由户部官员管理，其收入多解入京师。
同时规定了中央和地方的财政收入分配，大抵是三七分成，中央取七成，而地方留取三成为地方建设之用。鉴于全国经济不平衡，对江南富裕地区的调取要稍高于七成，而西北地区则有朝廷补助。
为了防止地方官员贪污，户部要求地方财政支出需要由各地方长官和次官联合签署才有效，同时每年年末，需要将一年的财务状况制成报表分别交给上司和户部审核。
鼓励垦荒，户部规定新开垦三年的土地免交赋税，而耕种五年以上的就获得土地所有权。对向东北和西南移民，户部没有提出具体的鼓励措施。沈觉非琢磨了一下，觉得要让乡土观念重的中国人离开故土，还得从土地着手。于是决定在这些地区上述优惠中的三年免税变成五年免税，而耕种五年获得所有权也缩短到三年。同时决定实行军功受土的政策，对立下战功的军士授予大片土地，赋税上也相对优惠。沈觉非希望将来帝国的新领土上能出现一些大的农场，它们用倭人为奴隶耕种，收获的粮食用来供应京师和边镇。
军事上，京师二十多卫和三大营号称二十余万人，经过戚继光的整顿和重新挑选，只留下了十万余人。分成十镇，每镇万人，设一总兵统之。其中骑兵四镇，步兵四镇，火器二镇。本来沈觉非想给这十镇取十个威风的名字，但一想这些新兵还没真刀真枪过，还是等它们立下功勋再赐名不迟。
沈觉非只对戚继光提出了几个要求，第一，能和蒙古骑兵硬干。第二，同样的人数能和倭寇硬干。第三，要不动如山，大将死而军不溃。至于具体的军事训练，人员配置，沈觉非就不管了。戚继光绝对比他行就是了。当领导别对可以不会，要求是一定要会提的。
戚继光答应了。
要银子，沈觉非给，拨内库也要满足他。
要马匹，沈觉非将辽东山西京师三个养马场全给了他。
要火器，制造局给他。
如此重用，不仅朝中言官文臣不满，担忧不已。就是沈觉非午夜梦醒也有点不安。想一想初开戚继光手中的十镇军队，京城中其他军士还不到三万人。皇帝身边的御前卫士，护卫紫禁城的锦衣卫，还有去年张居正新练的一万羽林卫，还有五城兵马司掌握的兵马。其中可用的只有全火器装备的一万羽林卫，可是人数实在太少，遇上戚继光，恐怕凶多吉少。想到此，沈觉非身子一寒，再难入睡。
即便是知道戚继光忠诚不二，而且戚继光也没有异象，沈觉非还是不安。他终于体会到宋以后帝王防备武将的心情了，寝食不安哪。
但是既然用了他，就不能半途而废。
于是每天晚上沈觉非的御前就多了一份戚继光的最新情况报告。
而兵部谭纶在万历和张居正的支持下，也开始整顿边关。淘汰老弱，训练士卒，修缮战具。
