蒋国柱未答，阎绍庆给下了结论：“形同造反！”
“那便是了，既是要造反，又如何不好处置的？你们若怕激起民变，本侯便调一营兵于你们听用，只管拿人便是，为首胁从概不问，一律先拿了，有叫哄鼓噪的百姓也全拿下。做事嘛，快刀斩乱麻，婆婆妈妈的，怕这怕那如何能做事？想当日大帅在广州时，那么多官员读书人，不也说杀就杀，说抓就抓么。”
“好，就依侯爷的办！”
蒋国柱想来想去，也只有先行弹压一策，现在孔庙里哭得厉害，他要派人去谈肯定没有作用。但使话风稍软，这些秀才恐怕就更加得寸进尺，提出更加不合理的要求。所以先镇压，后面再定此案性质，是重惩还是高提轻放才是最有效的手段。
阎绍庆一开始就是打的镇压的主意，蒋国柱却犹豫不同意，现在新安侯也是这个意思，又有太平军大兵可调用，自是放手去干。
只可怜孔庙里一帮秀才正干嚎着，想着官府出面安抚他们，然后人人搏个“为民请愿”的英雄身份，那执刀执枪的大兵就破门而入了。
“大清尚对我等读书人敬重有加，尔大明官兵却视我如猪狗不成！”
“此乃学庙，圣人之庙，尔等兵丁如何能擅闯！”
铁链加身的金圣叹当真是气不打一处来，拿手指着太平军一总旗便骂。那总旗却不理会于他，只要手下将人往外拖。庙堂内，一帮干嚎拼命挤眼泪的秀才们都是傻了眼，胆子小的在学庙里乱跑，有失手的竟将孔圣人的泥像都给推倒。
堂堂孔庙，一片狼藉。
孔庙外，早有大队兵士将围观百姓拦在一边，又有苏州府和吴中县的衙役帮着维持，但见人群中有人叫嚷，立时上前拖出捆上。又有得了钱财的闲人，或是秀才随从家人见主家被大兵推搡而出，情急之下便聚众呼应，想要冲上救人，结果却是被大兵们当场打翻一片，嚎哭之声震彻四下。这一回，可是真哭，那眼泪也是真掉了。
“皇上啊，皇上啊！”
金圣叹悲愤之下一路大呼皇上，不知情的都道金大先生在呼定武皇帝，却不知金大先生呼的却是大清皇帝。正如他听说大清皇帝赞他古文高手时，忍不住泣泪而下，向北重叩几首。
苏州发生的“哭庙案”很快就由江苏巡抚衙门快马通传镇江，次日，镇江就有齐王手谕至。
手谕要江苏将金圣叹、丁冠中、丁子伟、倪用宾、沈玥等三十一名秀才定为逆案主犯，尽数问斩。其余八十七名秀才均流配三千里外，发往安南服苦役。
此谕一出，苏州震惊，江南震惊，南都朝堂更是惊声一片。
