“1940年9月17日，大本营撤销第21军战斗序列，成立华南方面军及第22军，并将其编入中国派遣军战斗序列。随后，华南方面军奉命脱离中国派遣军战斗序列，调归大本营直属。”
经过上述调整，至9月底，侵华日军在华驻军达到了27个师团、21个独立混成旅团、战车集团、1个飞行集团。其战斗序列如下：
中国派遣军总司令官烟俊六大将、总参谋长板垣征四郎大将。司令部依然设南京。下辖华北方面军、第11、13军、第3飞行集团。
华北方面军司令官冈村宁次大将，参谋长笠原幸雄中将。下辖第1、12军和第26、10、110师团、独立混成第7、8、15旅团，电信第5联队、华北气象部、第2野战铁道部、中国驻屯宪兵队。
第1军司令官筱冢义男中将、参谋长田中陋少将。司令部设在河南新乡，下辖第36、37、41师团、独立混成第5、9、16旅团、战车第8旅团、野战重炮第8旅团、山炮第5旅团、高炮第2联队！
第12军司令官饭田贞固中将、参谋长本乡义夫少将，司令部设济南。下辖第21、35、独立混成第6、10旅团、战车第9旅团、野战重炮第9旅团、山炮第6旅团、高炮第4联队。
第11军，司令官阿南惟几中将，参谋长青木重诚少将，司令部驻汉口。下辖第3、6、13、33、34、39、40师团、独立混成第14、18、20旅团。
第13军司令官酒井禄中将，参谋长赢省三少将，司令部设上海。下辖第15、17、22、116师团。独立混成第11、12、13、17旅团。
第3飞行集团集团长木下敏中将，司令部设北平，下辖第1、第3飞行团。
除了军事上的调整，日本政府还对政府内阁成员进行了调整，由于对外政策的不断失误，导致日本与周边国家的关系日益紧张，因此近卫首相于9月20日同陆海两相进行协商，认为有必要对内阁成员进行大规模的调整，尤其是主管外交的外相松冈，于是决定总辞职。
第二天夜，第二届近卫内阁实行总辞职。
随即天皇再次命令近卫公组阁，于是9月22日成立了第三届近卫内阁。新内阁的外相是前任商工大臣狐大将丰田贞次郎，新内阁的大部分成员是前任内阁的阁僚，只有三名除外。
9月25日新政府同大本营举行了首次联席会议，在这次具有首次碰头意义的会上，陆狐统帅部长向政府提出了新的要求。
首先是关于目前帝国所应采取的国策原则，在之前的御前会议伤决定的适应形势演变的帝国国策纲要中已经明确规定。根据上述纲要制定的各项对内对外政策，需要迅速贯彻。
特别是关于目前正在执行中的对法属尤支那的军事措施，统帅部要按既定方针妥善地加以实施。为此，希望政府的各项施策也要紧密地予以配合。
对于为应付目前紧急事态而开始进行的对南方的战备，决不允许怠慢和拖延。对此当然确信政府能够阖既定方针，但仍愿借此机会再次要求切实有力地实行之。
其次是关于日美邦交的调整，代表大本营的陆狐统帅部希望始终坚持既定方针，特别希望不违背三国轴心精神，贯彻执行其措施。
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