随后马铮便开始对所部进行全面整编，独七师、第92师、警卫旅等部队开始集结，同时马铮将各部队的军政主官的拟任名单上报到了八路军总部和延安，征求上级的意见。
9月18日，延安方面经过慎重考虑之后。终于就新整编后的绥察军区各部队长官的任命也做出了重要安排：马铮被党中央任命为绥察军区司令员兼63军军长，云鉴担任军区政治委员兼任宣传部部长，两人依然搭档。王汉森是后勤工作的老手，依然留任军区后勤部长。鉴于绥察军区的重要性，党中央对徐晓林掌管的情报部门很不放心。特意从延安调来一位名叫徐英辉的人担任绥察军区情报部长，徐晓林担任军区情报部副部长兼司令部副参谋长，军工部部长由马铮提议的冯安担任。”
关于绥察军区各作战部队的军事任命安排是这样的：“马铮任63军军长，63军下属独七师师长由黄思成升任，黄炳炎担任政治委员，独七旅旅长由吴秀达升任；独12旅旅长由毕力格担任，政治委员许卫国。第92师师长由晋察冀军区第一军分区司令员杨成武调任，陈旭东担任政治委员，该师下辖之274旅旅长由鹿鸣升任，政治委员由八路军总部的何秀林调任；275旅旅长由王涛担任，政治委员由延安警备团团长胡天长调任。”
“骑兵集团的人员以及编制都没有变，司令员依然是马德胜，撤销副司令一职，原副司令周烈阳改任骑兵集团政治委员，一到六团的团长依然由周海、吴兵、郑则仕、王三民、李江涛、敖木格担任。另绥察军区直属警卫旅旅长由原独立团团长徐虎担任，政治委员由原警卫团团长邢超担任，其余诸如直属骑兵团、炮兵团、火璃援团、运输大队、野战医院的负责任也都没有改动。”
“不过延安方面还是对绥察军区的部分军官进行了调整，大批营团一级的指挥官调任他职，其中包括新近归附的李鸿明、蒋卫华等人。另外还对绥察军区的三个步兵团和两个骑兵团共计万余名部队分调到129师和115师，当然了，这两个师也要调出相应数量的部队到绥察军区的作战序列。”
经过这次整编，可以说党中央和八路军总部对马铮所部进行了一次大换血，尽管延安方面并没有应马铮的要求在绥察军区放一名高级领导坐镇，但是有了杨成武等人的调入，党中央对于绥察军区的掌控力却大大的加强了。
整编过后，绥察军区所有的部队合计有一军两师5旅27个团，另外还有运输大队、特战大队、野战医院、兵工厂等大量的直属部队。
除此之外，现在绥察军区收复了包括察哈尔部落在内的4个蒙古部落，并且在这些部落里也组建了大量的护卫团管这些护卫团都是属于部落护卫的性质，并不归绥察军区指挥，但要是战事紧张的话，绥察军区却随时可以调四个团参加战斗。
尽管有不少部队要调走，而且老兵居多，调入的部队都是各部队战斗力靠后的部队，导致绥察军区的战斗列所下降，但是好在加强了部队的凝聚力，内部隐患得到了有效的解决。
而且那些调入绥察根据地的士兵素质虽然一般，但是一个个长的还算壮实，只要经过一段时间的严格训练，相信这些部队可以迅速成长起来，到时候绥察根据地的战斗力将会大步提升。解决掉内部危机的绥察军区就好似一艘修理完毕的战舰，重新焕发出了摄人的光芒。
不过部队任命的命令下达后还是出现了一些问题，主要是被调走的这些军官心里多多少少有些不满。尤其是李鸿明等人，他们早就听说过了，八路军其它部队不管是武器装备还是兵员素质都远次于绥察军区。而且其他部队作战主要是以游击战为主，很少和日军面对面的硬抗，因此听到要外调到129师，心情很是郁闷。
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