除了这些暴行之外，第十六师团最严重的暴行是发生在攻占南京之后。
1937年12月13日凌晨，第十六师团步兵第二十联队占领了中山门。当天，该师团第三十三联队和第三十八联队在轻型装甲车的配合下，从太平门外沿玄武湖急进至南京城北的下关江边，以截断中国军队的退路。
下午，当第三十三、第三十八联队进至下关时，长江边有大批准备渡江的中国军人，江面上也有许多正在渡江的中国军人。日军立即用机枪进行猛烈扫射，一时间江水被染得殷红。在长江边等待渡江的中国军人有些返回南京城内，避入安全区，有些被日军射杀或俘获。接着，日军在长江边将俘获的中国军人加以集体屠杀。
南京沦陷后，第十六师团根据事先制定好的计划，对南京城内及城外东郊地区进行“扫荡”。在“扫荡”过程中，第十六师团俘获了许多放下武器的中国军人。
对于被俘的中国俘虏，第十六师团师团长中岛今朝吾在其日记中记述说：“败逃之敌大部进入第十六师团作战地区的林中或村庄内，另一方面，还有从镇江要塞逃来的，到处都是俘虏，数量之大难以处理基本上不实行俘虏政策，决定采取全部彻底消灭的方针”，所谓的全部彻底消灭的方针便是杀俘。
据不完全统计，单单第16师团在南京屠杀的中国俘虏就不下五万人。尤其是日军占领南京后，以第十六师团步兵第三十旅团为主的南京警备部队开始在全城搜捕放下武器的中国士兵。在次“扫荡”残敌过程中，第十六师团将头上有帽痕，手上有老茧的青壮年男子从难民中强行拉走，予以集体屠杀，其中许多人是普通的平民。
在搜捕中国士兵的过程中，一些毫无军纪可言的日军官兵还大肆妇女、抢劫财物。在战后对日本战犯的审判中，许多南京市民指证日军“中岛部队”的暴行。所谓“中岛部队”，就是以中岛今朝吾为首的第十六师团。
可以说中岛今朝吾和他的第十六师团在中国大地上犯下了极为严重的罪行，简直是罄竹难书。对于这样一支野兽部队，马铮早就想会一会了。
要说马铮最想消灭的日军师团的话，谷寿夫的第六师团排名第一，而这个第十六师团则是名排名第二。只可惜以前这两个师团都在华中地区作战，马铮所部没机会与之交锋。老天有眼，竟然让十六师团到了他的防区边上，连上天都这么给面子，马铮又怎么能和他们客气呢！
因此得知第六师团即将调防察哈尔的时候，马铮就命令宣传部开始宣传这支野兽部队的暴行，同时加紧时间训练部队，争取在第十六师团抵达前让那些新兵部队形成战斗力。
鉴于部队兵力还是有点不足，尤其是即将面对第十六师团这样的庞然大物，马铮当即向二战区长官部发报，要求军委会调拨给他的那两个团立即归建，以弥补兵员不足的问题。
阎老西刚刚在京西北的事情上欠了马铮一个人情，接到电报之后当即给孙蔚如部发报，命令所部两个团即刻起北上。
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